Berlin
Die räumlich und personell größte Dienststelle des Bundesarchivs mit besonders hohem Benutzungsaufkommen in Berlin-Lichterfelde beherbergt die Bestände der "Abteilung Reich" einschließlich der vom Berlin Document Center übernommenen personenbezogenen Karteien, Bestände und Sammlungen aus der NS-Zeit, die Bestände der "Abteilung DDR" sowie die Archiv- und Bibliotheksbestände der Stiftung Archiv der Parteien und Massenorganisationen der DDR (SAPMO).
Am Fehrbelliner Platz in Berlin-Wilmersdorf ist seit 1990 die Abteilung Filmarchiv des Bundesarchivs ansässig, die die ehemals getrennten deutschen Filmarchive aus Ost und West vereint. Hier findet zur Zeit die Erschließung und Benutzung von Filmen und filmbegleitenden Materialien statt. Nach Abschluss der Neu- und Umbaumaßnahmen in Berlin-Lichterfelde wird dieser Standort aufgegeben.
Erste und letzte Seite der Verfassung des Deutschen Reiches vom 11. August 1919 mit handschriftlichen Korrekturen und Unterschriften.
St. Augustin
Der 1971 auf dem Gelände der Bundespolizei in St. Augustin- Hangelar errichtete und 1979 erweiterte Magazinzweckbau als Zwischenarchiv für das ministerielle Schriftgut der obersten Bundesbehörden aus dem Bonner Raum fasst 43 Kilometer Schriftgut.
Koblenz
Die Hauptdienststelle in Koblenz ist Sitz des Präsidenten des Bundesarchivs, der "Abteilung Z" für zentrale Verwaltungsangelegenheiten, der "Abteilung G" für archivische Grundsatzangelegenheiten und der "Abteilung B" mit dem Archivgut aus der Bundesrepublik Deutschland und den westlichen Besatzungszonen. In Koblenz können außerdem alle Bestände aus der Zeit von 1495 bis 1867 benutzt werden.
Kolorierte Lithographie von 1848, die den Tod des Generals Friedrich von Gagern im Gefecht an der Scheideck bei Kandern am 20. April 1848 darstellt.
Rastatt
In der auf Anregung des damaligen Bundespräsidenten Gustav Heinemann 1974 im Schloss Rastatt eingerichteten Erinnerungsstätte für die Freiheitsbewegungen in der deutschen Geschichte besuchen jährlich fast 20 000 Menschen, darunter viele Schüler, die vom Bundesarchiv gestaltete Ausstellung über das Ringen der Deutschen um Freiheit, Demokratie und Einheit von der Frühen Neuzeit bis zur Friedlichen Revolution 1989/90.
Freiburg
Die Abteilung Militärarchiv in Freiburg ist zuständig für die Überlieferung der deutschen Streitkräfte seit 1867, des Bundesministeriums der Verteidigung einschließlich der Bundeswehr sowie des Ministeriums für Nationale Verteidigung, der Nationalen Volksarmee und der Grenztruppen der DDR.
Hoppegarten
Seit 1991 nutzt das Bundesarchiv das Gelände der ehemaligen Chiffrierzentrale des Ministeriums für Staatssicherheit in Hoppegarten, zunächst als Sammelstelle für das Schriftgut aufgelöster DDR-Dienststellen und ab 1997 zunehmend als Zwischenarchiv für die in Berlin eingerichteten Bundesbehörden.
2005 entstanden auf dem Gelände ein Spezialmagazin für Cellulosenitratfilme und ein Zweckbau mit Werkstätten zum technischen Bearbeiten, Restaurieren und Umkopieren von Filmen. Außerdem steht hier seit 2001 eine Großanlage der Firma Neschen AG, in der täglich 24 000 Blatt Papier entsäuert, durch Nachleimung verfestigt und so vor dem Verfall gerettet werden.
Einlagerung von Cellulosenitratfilmen, die dem Gesetz über explosionsgefährliche Stoffe (Sprengstoffgesetz) unterliegen, im klimatisierten Spezialmagazin in Hoppegarten.
Bayreuth
Das 1989 aufgrund des Gesetzes über die zentrale Archivierung von Unterlagen aus dem Bereich des Kriegsfolgerechtes in Bayreuth eingerichtete "Lastenausgleichsarchiv" des Bundesarchivs verfügt über fast 46 Kilometer Akten, die zur Erforschung von Flucht und Vertreibung am Ende des Zweiten Weltkrieges, der Regionalgeschichte und Familienkunde in den ehemaligen Ostgebieten sowie der Sozial- und Gesellschaftsgeschichte der Bundesrepublik Deutschland genutzt werden können.
Ludwigsburg
Die 1958 in Ludwigsburg als gemeinschaftliche Einrichtung der Landesjustizverwaltungen errichtete Zentrale Stelle (ZSt) zur Aufklärung nationalsozialistischer Verbrechen ist seit dem Jahr 2000 eine Außenstelle des Bundesarchivs, das hier eine ständige Ausstellung über die juristische Aufarbeitung von NS-Verbrechen präsentiert.